L'ILL est géré par trois pays partenaires, qui financent les trois quarts de son budget,

• la France, via le Commissariat à l’Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA) et le Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
• l'Allemagne, via le Forschungszentrum Jülich (FZJ)
• le Royaume Uni, via le Science and Technology Facilities Council (STFC)

en association avec ses partenaires scientifiques (par ordre chronologique d'adhésion): 

• l'Espagne: Ministerio de Educación y Ciencia (MEC)
• la Suisse: State Secretariat for Education and Research
• l'Autriche: Austrian Academy of Science (*)
• l'Italie: Istituto Nazionale per la Fisica della Materia (INFM)/Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR)
• la République tchèque: Charles University of Prague (*)
• la Suède: Swedish Research Council (**)
• la Hongrie: Hungarian Academy of Sciences (*)
• la Belgique: Belspo (**)
• la Slovaquie: the Comenius University in Bratislava (*)
• le Danemark: the Danish Agency for Science, Technology and Innovation
• la Pologne: the Henryk Niewodniczański Institute of Nuclear Physics, Polish Academy of Sciences in Kraków (**)
• l'Inde: the Bhabha Atomic Research Centre in Mumbai

(*) Ces quatre pays sont regroupés dans le CENI (Central European Neutron Initiative).

(**) Ces trois pays forment le BELPOLSWENI, (Belgian-Polish-Swedish Neutron Initiative Consortium)